無事に直るといいですね。
よろしければ、後日、経過をFAQになるよう教えてください。

書き忘れましたが、アライメントの途中でモーター音がするのに鏡筒が止まるというトラブルが時々ありました。一度ミックさんに直してもらったはずなのですが、また同じ症状が出ています。基準星の導入の件と併せてミックさんに聞いてみたいと思います。
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（追記）修理費用が高額になるのが心配なのでしばらく様子を見ることにしました。
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（追記）２度目の修理に出しました。それにしてもよく壊れます。

お見込みのとおり経緯台モードです。
最初の基準星（たぶん）とはファインダーから腕を伸ばして拳骨３つ分くらい離れています。
反対側に同程度の間隔で明るい星があるので、どちらを基準星に選んでいるのかも不明です。
明るい星がたくさんあるのに、なぜか星のないところを選んでしまいます。

6までの手順に問題はないと思いますが。
結果的にどの程度ズレていたのでしょうか？

基準星は比較的明るいので眼視でも分かるかと思います。そのためファインダーへと導入も可能かと。

書かれてはいませんが、経緯台アライメントですよね？、
水平度さえある程度出ていれば、最初の基準星の時に方位ズレを左右に手で回して修正すればよいかと思います。

既出で申し訳ありません。
http://etx.galaxies.jp/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=586&forum=2
で教えていただいたのですが、マニュアルどおりに操作してもファインダー内に明るい星が入ってきません。

私の行った手順は下記のとおりです。
１　日本を選択
２　自宅の緯度と経度を入力
３　サマータイム　No
４　望遠鏡モデル　ETX-90
５　日付、時刻の確認
６　時差は＋９時間に設定
７　ホームポジションに設定
　（１）基準星検索中と表示
　（２）基準星を導入中と表示
　（３）基星を中心に入れエンターキーを押すと表示

７（３）で明るい星が26ｍｍアイピースに入っていないどころか、ファインダーで見ても近くに明るい星が全く見当たりません。

上の手順で何か間違っているところがありましたらお教えください。

ちなみに水平検出、傾斜検出、方位検出は見たところ正常に行われていると思います。緯度と経度は多少ずれていても影響は少ないと思いますので時間の設定が怪しいのではと感じているのですが・・。