こんばんは。

オートスターの設定で基準星の名前は表示されていますか？
＞明るい星の方を向いてくれませんでした。
＞周りにはもっと明るい星があるのにそれより暗い方向を向いています。
のようなコメントを見る限り表示されていないようなので・・・

基準星はその時その場所で最も好ましい（見つけやすい）と思われる有名な星から優先的に選ばれるようですので、向いた方向で一番目立つ星だと思います。

今の状態ですとアライメント時にある程度基準星の近くに導入できなければ、近くの明るい星の内どの星に合わせたらいいのか分からないと思います。

オートスターの設定で基準星の名前を表示できるようにできますので、そのほうが基準となる星が明確に特定されますので、例えば、「センター　シリウス　ドウニュウチュウ・・・」にもかかわらず、あさっての方向を向いたとしても、手動でシリウスはこっちだよ！って強引に合わせることが可能になるのと思います。

それと、アライメント時の基準星にぴったりと来ないのが普通だと思います。もし最初からぴったりに導入できていればオートアライメント時でも、さらに２点の基準星を聞いてくる必要がないじゃないですか・・・。
一番目の基準星を聞いてきたときは、それなりの方向を向いてくれればいいと思いますよ・・・近いにこしたことないですが・・・。