やしさん　こんにちは。

雲台は使用しません。使うとさらにバランス悪くなります。

カメラをそのまま乗せて、カメラのファインダーを覗きながらＥＴＸを操作し対象をいいようにもってきます。それだけです。
だだ普通に乗せるだけ（だいたい同じ方向を向いているな～程度）で、ＥＴＸで見えているものがカメラでも見えていると思いますよ。
したがって、私はＥＴＸとカメラレンズの中心は合わせていませんよ、ＥＴＸは覗かないですからね。

たとえば、対象はプレアデスですよね。
カメラをＥＴＸに乗せ固定します。（だいたい同じ方向向いていればいいです）
プレアデスの位置は肉眼で確認できますから、自動導入せずコントローラーで（手動で）導入してもいいです。ＥＴＸのファインダーごしで十分。
その後、カメラのファインダーを覗いて対象（プレアデス）がちゃんと入っているか確認し、手動で微調整をする。
そして撮影する。といった具合でしょうか。
撮影だけならＥＴＸは覗きません（覗かなくてもいい）から、中心を合わせる必要はあまりないので気にしなくてもいいと思いますよ。