ちょっとだけ自己フォローです。
合成画像だとtrackingエラーとかあるので、途中の画像をとっておいて後で合成した方がと考えたわけですが、FITS画像をすべてのuncombined画像と共に取るというモードにしておけばよかったのだと今頃気づきました。
raw FITS画像は画素サイズの補正をしないで単に表示するだけだと横が詰まるし、色情報の抽出の仕方がわからないし、あまり使いやすくないですね。

色々調べたつもりですがよくわからないので、もしもどなたかご存知でしたら教えてください。

DSIを使ってrawデータを全て保存するというモードで、たとえばJPEG画像をとると、JPEG画像のほかにFITS形式の生(raw)画像が得られます。DSIはカラーCCDチップを使っているので、このraw FITS画像にはカラーの情報が含まれていると思います。実際拡大表示してみるとほぼ2x2画素のパターンが見えます。また、AutoStarSuiteの画像処理ソフトにはraw FITS画像をRGBLに分解して4枚のFITS画像に格納する機能もあるようです。ところが、このうちのRGBを使っても、もっともらしいカラー画像を再現できません。L画像はもっともらしく見えます。
一方で、JPEG画像の代わりにFITS画像を取得するモードにすると、RGBに対応した3枚のFITS画像が（生データ以外に）得られ、これを3色合成するときれいなカラー画像が再現できます。
で、私は、RGBLに分解するルーチンを疑っているのですが、どなたか、生FITS画像の中の各画素にどんな色のデータがどういう順に格納されているかといった情報をお持ちでないでしょうか?
DSI Cookbookには書いてあるのでしょうね?

よろしくお願いいたします